Un premier Musée a été créé à Lavaur en 1898, au sein même de l’Hôtel de Ville. Il bénéficia alors de quelques dépôts de l’État. Abandonné, il est relancé en 1952 par la Société Archéologique de Lavaur et dénommé Musée du Pays Vaurais. Il s’enrichit alors de nombreux dons et dépôts. En 2002, l’établissement semi-associatif devient définitivement municipal.
Aujourd'hui, le musée est situé dans l'ancienne maison des Sœurs du Christ, vaste édifice acheté par la municipalité en 2001.

Le musée propose, chaque année, plusieurs grandes manifestations (mai/août et octobre/décembre) dans la salle d'exposition temporaire située dans la chapelle des Sœurs du Christ.
Le musée étant en restructuration, les collections permanentes ne sont pas visibles.

Aujourd'hui les réserves du musée - plusieurs milliers d’objets - comprennent de riches collections d’art sacré, de beaux-arts, d’archéologie, d’art et traditions populaires ainsi que le fonds d'atelier de l'ancienne manufacture d'orgue Puget unique en Midi-Pyrénées.